El Valle de Laboyos, hace parte del Macizo Colombiano y del Cinturón Andino, declarado por la UNESCO en 1972, Reserva de la Biosfera.

La ubicación estratégica le permite gozar de condiciones ambientales privilegiadas que le han llevado a ser considerado, como uno de los municipios con el mayor número de predios adquiridos para la protección de microcuencas.

Su territorio integra el Parque Regional Natural Cueva de los Guácharos-Puracé, en el que se han desarrollado procesos de planificación territorial ambiental, cartografía comunitaria, redes comunitarias de conservación, grupos de monitoreo de biodiversidad y proyectos productivos sostenibles. Cabe resaltar qué estas experiencias han sido catalogadas como modelo de conservación en el País.

Además, fue uno de los primeros municipios en constituir, el Parque Natural Municipal, estrategia de conservación en donde se integra la reserva pública y privada para la preservación de los ecosistemas hídricos que garantizan el abastecimiento del acueducto municipal.

Estudios realizados por entidades de investigación de la Biodiversidad, demuestran la existencia en éste territorio de importantes especies de Flora y Fauna, muchas de ellas incluidas en las listas de la UICN, en peligro y en vía de extinción como por ejemplo: El Roble Negro, La Orquídea, La Guadua, El Oso Andino, La Danta de Páramo, El Atlapetes Oliváceo, El Pato Colorado, La Reinita Naranja entre otras.